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腾讯云服务器无法安装conda,文本管理:结合Jupyter优雅的使用Gitbook

2024-11-25 18:01:17 主机资讯 浏览:56次


2024年最新conda和pip国内镜像源

对于Anaconda,推荐使用Miniconda,它是一个轻量级版本,包含Python和conda基础,可以通过pip和conda扩展包。Miniconda的安装包可以从mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn下载。然而,由于合规性问题,Anaconda的官方源已停止服务。中科大和北外也可能提供conda镜像,但具体信息可能需要自行查找。

文本管理:结合Jupyter优雅的使用Gitbook

1、习惯使用Jupyter进行文本管理,因为其对设备无特殊要求,兼容mac、ipad、手机等多种设备。结合Gitbook渲染,相较于Jupyter自带渲染,视觉效果更佳,特别适合手机查看。为实现文本跨设备无缝切换,从腾讯云迁至华为云,遇到CentOS 2版本问题,yum仓库URL错误,需手动调整。CentOS Stream版本则运行流畅。

SignalP6的安装

创建虚拟环境,使用 python=7(注意版本选择的原因):`conda create -n signalp6 python=7`。 激活虚拟环境:`conda activate signalp6`。 安装依赖:使用 pip 安装所有所需的依赖,按照软件的 `requirements.txt` 文件进行。

要使用SignalP-0,首先需要下载安装文件,如signalp-0h.fast.tar.gz,并依赖于matplotlib、numpy、torch和tqdm等库的兼容性。安装完成后,将模型文件移动至指定路径,以便运行。操作流程如下: 文件选择:提供txt(表格)、png、eps或all(图形)格式的输出,默认为txt格式。

SignalP 0的命令格式为:signalp6 --fastafile /path/to/input.fasta --organism other --output_dir path/to/be/saved --format txt --mode fast推荐使用脚本run_SignalP.pl进行批处理和优化,该脚本从FASTA文件中读取并运行SignalP,生成结果文件。

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